Liderada por Pein, depois revela-se que o criadores da organização foram Madara Uchiha e o próprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-ins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuus, criaturas compostas unicamentes de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a morte, e fuga da organização, de Orochimaru, e também pelas mortes de Pein, Hidan, Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha e Akasuna no Sasori, sendo este último substituído por Tobi. Cada membro da Akatsuki possui um Hitaiate (?, Bandana?) de seu vilarejo de origem com um risco transversal feito para simbolizar a deserção e o ódio por sua vila natal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas. Cada anel possui um símbolo diferente: 臨, 兵, 闘, 者, 皆, 陳, 裂, 在, 前 .

Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos Bijuus e hospedeiros, os ditos Jinchuurikis. O Bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do Bijuu é extraido de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.

O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a jóia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.

Atualmente a Akatsuki se fundiu com a Equipe Taka (Falcão), para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Para selar o acordo de parceria, Madara Uchiha/Tobi designou a missão de capturar o Jinchuuriki da Hachibi, e se bem sucedida a missão, Sasuke Uchiha e seu time poderiam ficar com a Hachibi. Ao capturarem o mesmo, mais tarde descobre-se que o Jinchuuriki era falso.